地球に接近してくる大惑星、妖星ゴランの存在が確認された。TACは迎撃ミサイル「マリア1号」で粉砕を試みたが、発射前に幻覚宇宙人メトロン星人Jrによって破壊されてしまう。
マリア1号ごと破壊されたロケット管制塔の中から、山中隊員の婚約者である高階マヤが助け出された。北斗は星人がマヤに乗り移っているのを目撃したが、他の隊員は信じようとしない。
そんなとき、蛾超獣ドラゴリーがTAC基地を襲った。宇宙人との共同戦線を恐れたウルトラマンエースは、ドラゴリーをエースバリアで大気中に封印する。しかし、南はエースバリアによって反動ダメージを受けてしまった。
TAC地下秘密ミサイル工場ではマリア2号の制作が開始された。そのことを知るやいなや、マヤはマリア2号を見たいと申し出てきたが、工場を守る北斗と南の機転により、山中はついにマヤの正体を目の当たりにし、怒りに震える。
追い詰められ、巨大化して襲い掛かるメトロン星人Jr。そこに、エースバリアの封印が解かれたドラゴリー、さらには巨大魚怪獣ムルチ(二代目)までもが出現した！
