妖星ゴランの地球衝突が迫る中、最後の希望である迎撃ミサイル・マリア2号の制作が行われていた。
そんな中、ウルトラマンエースは、巨大魚怪獣ムルチ(二代目)、蛾超獣ドラゴリー、幻覚宇宙人メトロン星人Jrと対峙していた。ムルチ(二代目)はドラゴリーによって倒されたものの、エネルギーが残り少ないエースは、やむを得ずメトロン星人Jrとドラゴリーをエースバリアで封印するという苦渋の決断を下す。その反動ダメージで南はついに倒れてしまうのだった。
パトロール中、エースバリアによって封じられたメトロン星人Jrを発見するTACだが、山中は、メトロン星人Jrに婚約者・マヤを殺された怒りを抑えきれず、隊長命令を無視して攻撃を加えてしまう。そして南の容態は悪化の一途をたどっていく。
マリア2号完成まであと30分。そのとき、ミサイル基地にドラゴリーとメトロン星人Jrが出現する。必死の思いで2体の進行を阻止するTAC。地球の、そしてエースの運命は？
