謎の飛行機事故の調査に飛んだTACファルコンは、現場の黒雲の中から現れた宇宙電気クラゲ ユニバーラゲスによって燃料を吸収されてしまう。黒雲の中には宇宙船が隠れており、ユニバーラゲスはそのエネルギー補給する宇宙生物だったのだ。宇宙船は水瓶座第三星人のものであり、彼らは地球を植民地にしようと企み地球に来ていたのであった。
宇宙船から近くの村に降り立った謎の少女アクエリウスは、村の上空を黒雲で覆い、太陽と宇宙船を隠してしまう。困惑する村人たち。アクエリウスは「雲の中には神がいる」と唱え、破壊光線で村人を脅迫し服従させてしまった。命令に逆らえない村人たちは、言われるがままにTACファルコンに搭乗していた北斗・今野・吉村隊員を捕らえてしまう。
そこへTAC本部から救援が到着し形勢は逆転。TACの新装備「ジェット噴流」で雲の中の宇宙船の正体も丸見えになった。困惑する村人達。「あの宇宙船が神の正体なんだ！」。そこへ再び現れるユニバーラゲスと、巨大な水瓶超獣の正体を現すアクエリウス。卍巴の激戦が展開する！
